Alergias
As alergias são respostas exageradas a determinados antigenios do meio ambiente (alergénios) resultantes de uma hipersensibilidade do sistema imunitário.
O primeiro contacto com o alergénio não produz, geralmente, sintomas.No entanto, os linfócitos B diferenciam.se em plasmócitos, produzindo anticorpos específicos para esse antigénio. Alguns destes anticorpos ligam-se a células, como os mastócitos e os basófilos, que ficam assim sensibilizados para esse antigénio.

Exemplos:
- Polen;
- Ácaros;
- Partículas de pêlos e penas;
Doenças Auto-imunes
Ocorrem quando há um desenvolvimento de certas reações imunes aos constituintes naturais do organismo, que levam a lesões localizadas ou sistémicas.
Exemplos:
- Artrite reumatóide;
- Lúpus;

Imunodeficiências
Estas podem ser inatas ou adquiridas. A maioria das imunodeficiências inatas afectam tanto a resposta humoral como a resposta mediada por células e resultam de deficiências genéticas que se manifesta durante o desenvolvimento embrionário. Estas anomalias traduzem-se por malformações do timo, resultando numa produção deficiente ou na total ausência de linfócitos.
A mais grave imunodeficiência é a "imunodeficiência grave combinada", designada SCID
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